Desde a fundação da AS-PTA, o Programa de Desenvolvimento Metodológico cumpre um papel essencial em sua estratégia institucional. O objeto do Programa está relacionado à crítica da entidade aos métodos convencionais de desenvolvimento rural implementados por instituições oficiais. Tendo sido desenvolvidos para a disseminação do paradigma científico-tecnológico da Revolução Verde, esses métodos reservam às famílias e comunidades da agricultura familiar o papel de passivos receptores das inovações técnicas produzidas por empresas de pesquisa e extensão, sejam elas públicas ou privadas.
Segundo a concepção metodológica empregada pela entidade, a transição agroecológica dos sistemas produtivos familiares não se processa com base na disseminação em larga escala de pacotes tecnológicos alternativos, mas é decorrente de dinâmicas locais de inovação que mobilizam agricultores e agricultoras em torno a atividades de experimentação e de intercâmbio voltadas para a busca de soluções técnicas e sócio-organizativas ajustadas aos problemas específicos vivenciados em seus contextos socioambientais. Nessa ordem de idéias, à profunda crítica ao paradigma científico-tecnológico adotado pelos programas oficiais, a AS-PTA associa uma crítica igualmente profunda aos sistemas convencionais de produção e disseminação de conhecimentos e tecnologias agrícolas.
Esse vínculo entre a natureza das tecnologias e seus processos de produção e disseminação, tem forte incidência na estratégia institucional uma vez que esta trabalha com a convicção de que a promoção da agricultura familiar em bases agroecológicas, objetivo maior da instituição, só se processará mediante modificações significativas nos métodos de pesquisa e extensão empregados pelas instituições que atuam no campo do desenvolvimento rural.
Diante desse desafio, o Programa de Desenvolvimento Metodológico se estruturou para atuar de forma simultânea em dois campos:
a) Desenvolver e/ou adaptar referenciais metodológicos orientados para a mobilização de agricultores e agricultoras e suas organizações em torno a dinâmicas locais de inovação agroecológica. Os programas locais da entidade são, nesse campo, os espaços por excelência para a experimentação e a sistematização de métodos inovadores passíveis de serem replicados para outros contextos.
b) Promover referências metodológicas desenvolvidas e/ou adaptadas em meio a organizações da sociedade civil e instituições do estado que já orientam suas ações segundo o paradigma agroecológico. Nesse campo, o Programa de Métodos mantém estreita sintonia com o Programa de Políticas Públicas cuja função precípua é a de influenciar as orientações e as concepções de programas e instituições públicas atuantes na área do desenvolvimento rural.