Quando em Montreal, em junho passado, a delegação brasileira surpreendeu a comunidade internacional ao opor forte resistência a aprovação de uma identificação clara de OVMs , e somando-se a Nova Zelândia, levou ao fracasso a MOP2, poucos compreenderam as razões pelas quais o Brasil mudara de lado na Protocolo de Cartagena, identificando-se com o finado Grupo de Miami, que tanta dificuldade criara para a negociação do próprio Protocolo.
Na verdade, a divisão interna no governo brasileiro anterior sempre existira, embora não tivesse se explicitado publicamente, como ocorrera em Montreal. Em Cartagena, por exemplo, houve a tentativa de recuar do apoio a um parágrafo específico sobre o Princípio da Precaução, tentativa que abortou devido à intervenção determinada do ex Ministro do Meio Ambiente.
Em Viena, na segunda das rodadas informais convocadas pelo ex presidente da COP4, o Ministro Juan Mayr, da Colômbia, também houve um momento onde o Brasil não quis apoiar a redação do artigo sobre as relações com outros tratados, redação que rejeitava toda a sujeição do Protocolo a ser aprovado a outros tratados – ou mais claramente, por que era disso que se tratava, da subordinação do Protocolo de Cartagena aos acordos assinados na OMC.
Nesse momento, dentro do Grupo dos Like-Minded chegou-se a criticar de forma explícita o Brasil, por estar prejudicando a obtenção de um acordo dentro do grupo, havendo mesmo quem cogitasse de que seria melhor para o Brasil retirar-se do grupo, como já o havia feito Singapura.
Finalmente, em janeiro de 2000, em Montreal, embora publicamente discreto durante as discussões nos grupos de trabalho e nas plenárias, era evidente que parte da delegação brasileira reunia-se com o Grupo de Miami.
A má vontade com o texto aprovado se explicitou logo em seguida com a demora em assinar o Protocolo. Em maio de 2000, durante a COP 5, em Nairobi, quando se abriu oficialmente o período para assinaturas. Embora 72 países tenham assinado o Protocolo na cerimônia solene, o Brasil só o veio fazer em fim de 2004.
A eleição de Lula, em fins de 2002, no entanto, parecia anunciar o fim dessas hesitações, já que o programa eleitoral de Lula explicitamente se manifestava contrário à introdução de transgênicos no país, sem que houvesse estudos ambientais e de saúde que demonstrassem a sua inocuidade.